Jednak pomimo początkowego entuzjazmu dla idei biopaliw, pod znakiem zapytania stoją dalsze prace legislacyjne nad aktami prawnymi w tym zakresie. W lipcu bieżącego roku Unia zrezygnowała z twardej obrony biopaliw. Zwiększenie ich wykorzystania najprawdopodobniej nie ma korzystnego wpływu na zmiany klimatyczne (tak wynika z raportu przygotowanego przez laureata Nagrody Nobla - Paula Crutzena), a wręcz powoduje negatywne konsekwencje. Produkcja biopaliw zawyża i tak wciąż rosnące ceny artykułów spożywczych, prowadzi do ograniczenia tradycyjnych upraw oraz stanowi zagrożenie dla krajobrazu naturalnego i bioróżnorodności. Ponadto uwzględnić należy zwiększoną emisję dwutlenku węgla do atmosfery będącą skutkiem produkcji i transportu biopaliw. Intensywna produkcja biopaliw, z uwagi na zużycie pestycydów, przyczyni się również do wydzielenia ogromnych ilości podtlenku azotu – gazu potęgującego efekt cieplarniany. Jak zauważa OECD – idea zwiększenia wykorzystania biopaliw we wspólnotowej energetyce jest głównie efektem działania silnych grup lobbingowych, tak więc osiągnięcie jakichkolwiek ograniczeń w tej kwestii będzie bardzo trudne.

Podstawy prawne regulacji rynku biopaliw we Wspólnocie zawarte zostały przede wszystkim w dwóch aktach prawnych: Dyrektywie 2003/30/WE Parlamentu Europejskiego i Rady UE z dnia 8 maja 2003 roku w sprawie wspierania użycia w transporcie biopaliw lub innych paliw odnawialnych oraz w Dyrektywie 2003/96/WE Rady UE z dnia 27 października 2003 roku w sprawie restrukturyzacji wspólnotowych przepisów ramowych dotyczących opodatkowania produktów energetycznych i energii elektrycznej. Pierwsza z wymienionych dyrektyw zawiera definicje pojęć „biopaliwo”, „biomasa” oraz „inne odnawialne paliwa”. Do kategorii biopaliw zalicza: bioetanol, biodiesel, biogaz, biometanol, biodimetyloeter, bio-ETBE, bio-MTBE, biopaliwa syntetyczne, biowodór, czysty olej roślinny. Nakłada ona na państwa członkowskie obowiązek stopniowego zwiększenia wykorzystania biopaliw i innych paliw odnawialnych w sektorze transportu (w stosunku do ogólnej masy paliw silnikowych): do 2009 r. o 5,10 %, do 2010 r. o 5,75 % oraz do 2020 r. o 20 % Ponadto prawo wspólnotowe zezwala państwom członkowskim na stosowanie całkowitych lub częściowych zwolnień podatkowych dla biopaliw. Kwestię tą reguluje art. 16 Dyrektywy 2003/96/WE, zgodnie z którym państwa członkowskie mogą udzielać zwolnień lub ulg w podatku akcyzowym na biopaliwa. Są one jednak traktowane jako pomoc państwa i nie mogą zostać udzielone bez zgody Komisji Europejskiej.